方以智也主张中西会通，以泰西为郯子。他说：“万历年间，远西学入，详于质测，而拙于言通几，然智士推之，彼之质测，犹未备也。”[42]又说：“泰西质测颇精，通几未举，在神明之取郯子耳。”[43]西学精于物理实证。他借春秋时东夷郯子朝鲁，孔子向他问学的故事，比喻应吸收学习西方的科学技术，补自己的短处。他亲自向传教士毕方济、汤若望等人询问“历算奇器”，与他们共同研讨西方天文学和医学。他也鼓励儿子方仲通向传教士穆尼阁等人学习数学。所著《通雅》和《物理小识》比较系统地介绍了西方的历算、物理、化学、医学、水利、火器、采矿、造船、仪表等科学技术。据美国学者彼德逊统计，《物理小识》中借用传教士书籍资料约占百分之五。但方以智不盲目崇信西学，对西方神学持批评态度。他说：“所谓‘静天’（神灵居住之处），以定算为名；所谓‘大造之主’，则于穆不已之天乎！彼详于质测，不善言通几，往往意以语阂。”[44]“拙于言通几”、“通几未举”、“不善言通几”等，这些都表明他认识到西学的不足之处，他毕生致力于“通几”（哲学社会科学），是想与西方科学技术相融合、互补。
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