虽然只是一个对帝国的运行轨迹无足轻重的中级京官，但顾宪成的这些行为却给他带来了特立独行的好名声。当他被撤职查办后，名气反而越来越大，支持者也越来越多，包括一大批朝廷要员也纷纷上疏，要求重新起用他。但这些请求都没能说服日益固执己见的万历。一直等到万历三十六年，朝廷才又想起了他，任命他为南京光禄少卿。这一安排，与其说是朝廷认识到了顾宪成的意义，毋宁说是给众多请求起用他的官员一个安慰，或者说是要让他们从此闭上鸟嘴。顾宪成当然明白当政者以此堵塞天下人之口的用心，他“力辞不就”，继续一心一意地讲学东林。
有一次，顾宪成和他的弟弟顾允成谈心，顾允成感叹说：“吾叹夫今之讲学者，恁是天崩地陷，他也不管，只管讲学耳。在缙绅只明哲保身一句，在布衣只传食诸侯一句。”顾宪成回答说：“官辇毂，念头不在君父上，官封疆，念头不在百姓上，至于水间林下，三三两两，相与讲求性命，切磨德义，念头不在世道上，即有他美，君子不齿也。”
